Nej, mod_rewrite omskriver ikke links på dine sider, og den sørger heller ikke for at man ikke længere kan få adgang til de u-omskrevne sider. Det skal du selv sørge for. Og det er meget vigtigt.
Jeg vil BESTEMT ikke anbefale dig at kaste dig ud i omskrivning af de URL''s du nævner her. Det åbner op for alt for mange problemer, som kræver en virkelig god indsigt i web-arkitektur og søgemaskiner. Og værdien af en URL-omskrivning vil i dit tilfælde være ekstremt begrænset.